门头沟区中医医院始建于1956年11月，时称北京市京西矿区联合中医医院，1978年1月，经北京市卫生局批准划归区属，正式更名为北京市门头沟区中医医院。1996-1997年，医院病房楼、门诊楼相继投入使用。1998年12月，医院晋升为集医疗、护理、教学、预防、康复为一体的二级甲等中医医院。

1998年至今，医院有了长足的进步和发展。2000年，医院在市糖尿病防治中心的大力协助下组建了糖尿病专科，并被确立为门头沟区糖尿病防治中心。2002年12月，门头沟区中医骨伤科医院并入门头沟区中医医院，壮大了医院骨伤科的技术力量。

医院占地面积1万余平方米，编制床位226张，现有在职职工195人，其中中职称87人，研究生13人，本科生98人。设有10个职能科室，11个临床科室，5个医技科室。医院拥有自己的中医特色品牌科室和专家团队。骨伤科被列为北京市重点中医专科，并获国家级农村医疗机构中医特色专科称号。中风病科为院级重点专科，是广安门中医医院国家级重点专科肿瘤科的协作单位。

医院以中医为主要发展方向，打造医院自身的中医专科特色，力争发展成为区域性中医医疗中心，为社会百姓提供质优价廉的中医特色服务。