水族馆有近万条海洋鱼类，品种3000种。水族馆分为地上展示区和地下展示区两个部分。地上展示区主要由6个展示亭和联廊组成，每个亭内部设有现代化的水族展柜，人们边走边能欣赏到千姿百态的鱼群、硕大无比的海龟及凶猛的鳄鱼。地下展示区是南京海底精彩的部分，运用日本进口的亚克力玻璃制作的180度拱形隧道，长达74米、高2.4米、宽3米，储水量4000多吨，左、右、中三面环水，皆可观赏。它消除了人们在视觉上的物理障碍，一改过去只能通过玻璃橱窗观赏海洋生物的惯例，置身于“海底隧道”五光十色的珊湖、海藻、种类繁多的海鱼游大在眼前，不时还有潜水员、大鲨鱼及海鳗等游来。水族馆内还采用了许多高科技系统，如淡水盐化系统，海底生命自动维持系统，由电脑自动维持人造海水的温度、氧气量和盐量，使海洋鱼生活在南京海底世界就同生活在海洋里一样舒适自在。

南京海底世界的海豚表演馆是华东地区首屈一指的海洋动物表演馆，本馆投资3000万人民币，占地面积约1500平方米。建筑的顶棚由透明玻璃构成，阳光透过玻璃直射水面，让我们的“演员”们尽情享受着日光浴。幽雅聪明的海豚与憨态可掬的海狮将为您带来一场生动谐趣、精彩绝伦的海洋动物秀，莫不使您喜爱万分！