通州南山寺始建于明朝，清嘉庆重修，改革开放后为落实宗教政策于80年代中期将金沙双皮桥头总庵更名为南山寺对外开放，92年经通州市民族宗教事务局批准，将人民东路朝阳路口老南山庙作为南山寺下院对外开放，请杭州佛学院毕业生耀来法师主持日常管理工作。94年经通州市政府批准选址通州市开发区盆架桥村易地南迁。