萧县财政局于2010年根据中共宿州市委办公室、宿州市人民政府办公室《关于印发<萧县人民政府机构改革方案>的通知》（宿办秘[2010]17号）和县委、县政府《关于萧县人民政府机构改革方案的实施意见》（萧发[2010]7号）精神而设置。内设18个机构，下属事业单位10个，乡镇（开发区）财政所24个，现有在职人员244人，离退休人员78人。机关行政编制32名。其中：局长1名、副局长3名、纪检组长1名、总会计师1名、农村综改办副主任1名；股级领导职数24名。